被孫中山先生譽為“反清第一人”的農民領袖洪秀全在發動推翻清朝統治的農民起義后，率領太平軍一路勢如破竹，粉碎清軍的圍追堵截，于1853年3月19日打到南京，擊潰清軍，沖進南京城，直撲兩江總督衙門，殺死了兩江總督陸建瀛，占領了南京。洪秀全乘坐黃轎進入南京城時，受到南京市民的熱烈歡迎。3月29日，洪秀全將南京定為太平天國的首都，改名為“天京”。

太平天國為何沒有乘勝追擊，向北進攻，直搗北京抑或定都中原，而是在南京駐足扎根呢？

當時太平軍取得中國的半壁江山后，是繼續北上占領中原地區，還是直搗北京，或者在南京定都，在太平天國的主要領袖中是存在分歧的。堅持建都南京的是楊秀清和李秀成。楊秀清在全州時，“已有窺竄江寧之計”(江寧即南京)，當出廣西入湖南時，太平軍中有些人產生了回老家的念頭，他力排眾議稱：“今日上策，莫如舍粵不顧，直前沖去，循江而東，略城堡，舍要害，專意金陵(金陵即南京)，據為根本，然后遣將四出，分攏南北，即不成事，黃河以南，我可有已……”入武昌后，楊秀清“覬覦江浙財富之區，欲由長江逕取江寧為巢穴，爭論不絕。秀清遂托天父下凡令直犯江南”。

太平天國史料中李秀成的供狀寫道：“攻破南京之時，水面舟只萬余，各盡載滿糧食，此時天王與東王尚欲分兵鎮守江南，欲取河南為業。后有一老年水手，大聲揚言，親稟東王，不可往河南，云‘河南水小而無糧，敵困不能解救。今得江南，有長江之險，又有舟只萬千，南京乃帝王之家，城高池深，民富足余，尚不立都，而往河南也’‘河南雖系中州之地，只稱穩險，其實不及江南，請東王思之’。”

洪秀全在進入湖南時尚且表示贊同楊秀清“專意金陵”的主張，進入武昌后，卻在去河南還是下金陵的問題上開始動搖。此時，一個江浙名士力薦洪秀全定都南京，《太平天國史實日志》上寫道：“錢江，浙江人也，素負膽略，博學多才，林則徐總督兩粵時，在幕府甚見器重，后林則徐被貶，他也失意回原籍。適聞洪氏倡議，已破武漢，乃投袂而起，不遠千里赴見之，勸洪秀全舍西而東，上書論天下大勢，共數千言。其書力言兩川不足圖……不若取金陵心腹之地，建為京都……秀全覽而悅之，即遵其計而行。”從這段史料中可以看出，浙江人錢江對太平天國定都南京起了關鍵作用。

反對建都南京的是卞三娘和羅大綱。據太平天國史料記載，廣西籍女將卞三娘向洪秀全獻計：“由襄樊一路直取河南，進據中原心腹。”楊秀清否決了她的意見后，“卞三娘因其言不用，率領女兵自回廣西，不知所終”。殿左一指揮羅大綱“欲圖北必先定河南，大駕駐河南，軍乃渡河。否則先定南九省，無內顧憂，然后三路出師，秀清方專權，不納;以大綱志怯，乃命偽丞相林鳳祥、李開芳率兵五萬北犯”。

當卞三娘、羅大綱等人的意見被楊秀清用天父下凡的強制手段壓制后，接著由41人從不同角度來論證建都南京的必要性和正確性，形成了11篇《建天京于金陵論》。《建天京于金陵論》對建都金陵的道理作了充分闡述：從地理形勢看，南京“地連三楚，勢控兩江，群山屏圍，長江襟帶”“雄踞東南，俯視西北”“鐘阜有龍蟠之象，石城有虎踞之形”“出可以戰，處可以守”;從政治上看，南京是“王氣所鐘”“天下名邦”“雄踞東南，足以壯天威成王業”;從經濟上看，南京“五方雜處，百貨駢臻，物產豐盈”“楚尾吳頭，民物浩繁”“財貨所聚，戶口常充”“湖北，河南皆有水患，惟金陵地勢崇隆，民情富厚，且天下糧食盡出于南方，如江西，安徽等省，順流而下，運糧亦甚便易”;從人才看，金陵乃“士林淵藪”之地。

太平天國建都南京的消息一傳開，立即引發了中外各方的震驚，英國駐香港總督兼駐華全權代表濮亨說：“如南京陷落一成事實，中國政府將受到自變動以來所未曾有之嚴重打擊。所以者何？中國故都之地位，以及其在歷史上之關系，在中國人心中如何重要，始置勿論;即以地勢言，南京城在揚子江岸，大而且要，居帝國之中央，接近運河，實是阻礙一切交通，切斷米糧運往北京之路;今竟被強有力的大隊武裝叛徒所占據，此事誠未可忽視，尤不應隨意加以掩飾。”與此同時，清政府也非常害怕太平天國在南京建都，在朝廷中“遏絕各省解京糧道，糧道不通，京師震動”的言論不絕于耳。

在當時的條件下，太平軍出廣西，經兩湖，打一路失一路，迫切需要找一個合適的根據地，整休部隊，建立政權，規劃全局。建都南京可以說是一個最佳方案，南京在政治、軍事、經濟等方面具有獨特優勢，有利于太平天國的存在和發展。當時的東南地區，清朝統治力量比較薄弱，在太平軍東下時，兩江總督僅率領5000人作了抵擋，名為抵擋，實為做樣子給朝廷當局看看而已，而其他地區并無重兵把守;此外，東南地區物產豐盈，在保證給養上較其他地區優越;取水路下金陵，順江而下，僅需一個月，能避免敵軍的圍剿堵截，隨員家眷和輜重又不會成為行軍的包袱，比陸路取河南入四川更為有利。

至于太平天國的首都為何叫做“天京”，則是遵循太平天國自有的神學體系而定的，太平天國的最高領袖叫天王，故它的首都就叫“天京”。從此，太平天國在兩江總督府廢墟上建起的宮殿中與清政府分庭抗禮長達11年。