光緒三十四年十月二十一日(1908年11月14日)傍晚，一生抑郁的光緒皇帝駕崩于中南海瀛臺含元殿。翌日，慈禧太后也撒手而逝。這一對母子的恩怨情仇就這樣結束了，在不到20個小時之內，大清朝的兩位最高領袖相繼去世，留下了一個航向未定的帝國。

關于光緒皇帝之死，歷來聚訟不休、傳說紛紜，毒死說甚為流行，太后、袁世凱、李蓮英、崔玉貴，甚至奕劻都是犯罪嫌疑人。當時從北京發往倫敦《泰晤士報》的一則消息說，“大清國慈禧皇太后已于今天去世。大清國皇帝陛下剛剛于周六去世，他們兩人死亡時間離得如此之近，不由使人疑竇。人們懷疑這件事情的背后可能有謀殺”。

2003年，中央電視臺清史紀錄片攝制組、清西陵文物管理處、中國原子能科學研究院反應堆工程研究設計所二九室和北京市公安局法醫檢驗鑒定中心四個單位的相關人員，組成了“清光緒帝死因”專題研究課題組。該課題在研究過程中，作為《國家清史纂修工程重大學術問題研究專項課題(清光緒帝死因研究)》正式立項。歷經三年時間，在對光緒皇帝遺骨、頭發、衣物的科學鑒定基礎上，最終得出了光緒帝體內砷含量嚴重超標的結論，這意味著光緒帝很可能死于砒霜中毒。兇手是誰？至今難成定瓛。

根據清宮醫療檔案的記載，太后是死于突發性痢疾。據有關資料記載，慈禧七十三歲壽宴那天，宮里請了京內最好的廚師，準備了一百多道菜肴。慈禧特別高興，先飲了幾杯白酒，然后又吃了不少菜。第二天，慈禧即感腹痛，大便次數明顯增加，每天達幾十次，并帶有膿血。一星期后，她變得骨瘦如柴，雖然請了太醫切脈診治，但病情并無好轉;又過了一個星期以后，她甚至昏迷不醒，不久就命歸黃泉。

從上述材料看，慈禧太后從發病到病故是有一個過程的，而在這個過程，太后是有機會安排身后政治格局的。在最后一周的人事安排過程中，久掌樞廷的慶王奕劻卻被支出了京城，被派往遵化東陵查看太后陵寢工程，這一點是耐人尋味的，這意味著太后并不信任奕劻。除此之外，袁世凱親信部將段祺瑞的北洋第六鎮也被調出北京，換防的是滿洲人鐵良的北洋第一鎮，此人早年與袁世凱并列為榮祿門下將才。

太后在臨終之前為何會對奕劻和袁世凱如此防范呢？原來當時的北京城流傳一個傳言，說袁世凱將在太后駕崩之后，發動政變，干掉皇帝，擁立慶王之子載振為帝。這個傳言毫無根據，袁世凱和奕劻弄權可以，但改朝換代，他們沒有能力和膽量。太后是謹慎的，她可能信了這個流言。

1908年的冬天，光緒皇上的身體似乎越來越不好了，接班的人選成為太后必須要考慮的問題。慈禧太后把目光再次投向醇親王府，不久，太后下旨將醇王載灃三歲的兒子溥儀接進宮中教養，這是立皇儲的節奏。光緒皇帝駕崩當日，溥儀就順理成章地繼承了大統，改元宣統。從宗法角度而言，溥儀是過繼給同治帝載淳，同時兼承光緒帝之祧，一人祧兩房，尊慈禧太后為太皇太后。是日，慈禧太后亦駕崩。慈禧太后選中溥儀其實選中的是醇王載灃，溥儀乃一沖齡幼童，他繼承大統，即是其父載灃執掌國柄。根據太后臨終之前的安排，載灃成為監國攝政王。載灃是大清歷史上第二位攝政王，前任是多爾袞。載灃并不是一個醉心于權力的人，在得知自己成為帝國攝政王的時候，他竟然在日記中寫下：“叩辭至再，未邀俞允，··…萬分無法，不敢再辭。” 那么，太后又為何會選中載灃作為權力繼承人呢？因為載灃有著別人難以企及的優勢。

長久以來，光緒皇帝體弱多病，久無子嗣，故而帝位繼承者只能從近支宗室中擇賢而立，這幾乎已成庚子以后宮廷共識。由于同治、光緒二帝皆無子，咸豐皇帝也僅有同治帝一個兒子，所以未來的皇嗣只能從道光帝的曾孫輩中挑選。道光皇帝共有9個兒子，四皇子即為咸豐皇帝，另有兩個兒子年幼時夭折。惇親王奕琮之子載漪成了庚子禍首，九皇子孚郡王奕譓的后人貝勒載澍因罪被革，他們的后人都不可能成為皇嗣候選人。八皇子鐘郡王奕詥這一系到了光緒末年，還沒有溥字輩的孩子出生。

所以，能夠進入皇嗣選拔賽的人只有道光帝長子隱志郡王奕緯、恭親王奕?、醇親王奕譞這三支的孫子輩了，即奕緯之嗣孫溥倫、奕?之孫溥偉、奕譞之孫溥儀和溥杰。依照中國立嗣傳統，“其法擇胞兄弟之子以為嗣，次則擇從兄弟之子。”對于光緒皇帝而言，只有溥儀、溥杰是胞兄弟之子，自己的親侄子;溥偉是從兄弟之子，也就是堂兄弟的兒子;溥倫從血緣上講連從兄弟之子都算不上，隱志郡王奕緯死的時候并無子嗣，溥倫是過繼的孫子，并不是道光皇帝嫡系曾孫，自然沒有什么優勢。

如此一來，作為醇王載灃的長子，溥儀是最有優勢的。早在1905年，西方在華外交官就對大清未來繼承者做了極為精準的預測，他們認為“如果醇親王意外地有一個兒子，他就一定是繼承人。”安排溥儀繼位，也就是安排載灃掌權，這是慈禧太后的決策，但倘若是光緒皇帝自己做主，必然也會做這樣的安排。

在紛爭復雜的大清政局中，載灃又是一個各方都可能會接受的人。

載灃是光緒皇帝的親弟弟，這種身份會喚起朝廷內部帝黨勢力的記憶，年輕的攝政王會成為先帝光緒的事業繼承者。載灃的嫡福晉瓜爾佳氏系出名門，乃是太后重臣榮祿的女兒，作為后黨中流砥柱的女婿，載灃也會得到后黨官僚的認同。太后的這種安排，很可能是希望調和帝后兩黨的矛盾，彌合從前的傷痛。